Perkuliahan, talaqqi, halaqah, dan baht al-masā’il di Ma’had Aly At-Tarmasi dilaksanakan dengan pendampingan langsung para muhadlir yang kompeten dan bersanad, guna menjaga kesinambungan metodologi keilmuan pesantren. Melalui proses ini, mahasantri dibimbing memahami teks secara mendalam, mengolah argumen hukum secara sistematis, serta merumuskan kesimpulan dengan penuh tanggung jawab ilmiah. Pendampingan tersebut memastikan tradisi keilmuan tetap terjaga sekaligus relevan dengan kebutuhan zaman, tanpa melepaskan etika dan integritas keulamaan.